Ngày 4 tháng 10 năm 2007, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng quyết định giao Bộ trưởng Bộ Xây dựng làm Chủ tịch Ủy ban và thành viên là Thứ trưởng các Bộ Công an, Kế hoạch và Đầu tư, Giao thông Vận tải, Tổng hội xây dựng Việt Nam và Hội khoa học cầu đường Việt Nam. Đồng thời, Thủ tướng yêu cầu mời Ủy ban Khoa học và Công nghệ của Quốc hội, đại diện của Cơ quan khoa học của Nhật Bản tham gia làm rõ nguyên nhân và đề xuất các biện pháp khắc phục. Nhiệm vụ của Ủy ban là huy động mọi lực lượng triển khai chậm nhất trong 1 tháng phải hoàn thành công tác điều tra và đề xuất phương án khắc phục sự cố sập nhịp dẫn cầu Cần Thơ. Nhưng hơn ba tháng, đến ngày 8 tháng 1 năm 2008, Ủy ban quốc gia điều tra về sự cố sập nhịp dẫn cầu Cần Thơ mới có báo cáo Thủ tướng kết quả làm việc về các vấn đề liên quan đến vụ sập nhịp dẫn cầu Cần Thơ, tuy nhiên, nguyên nhân sự cố chưa được tiết lộ [37].

Đến ngày 2 tháng 7 năm 2008, Bộ trưởng Xây dựng Nguyễn Hồng Quân đã báo cáo Chính phủ kết quả điều tra sự cố sập nhịp dẫn cầu Cần Thơ là do lún lệch đài móng trụ tạm [38]. Theo kết quả điều tra, sự cố xảy ra trong quá trình thi công tại hai nhịp neo của cầu Cần Thơ, mỗi nhịp dài 40 m. Qua kiểm tra địa chất, hàng cọc gần phía trụ P14 có mũi cọc tựa trên lớp cát xốp và hàng cọc gần phía trụ P13 có mũi cọc tựa trên lớp cát chặt vừa. Điều này dẫn tới hàng cọc gần trụ P14 bị lún nhiều hơn hàng cọc gần trụ P13 làm đài móng trụ tạm T13 nghiêng về trụ P14. Độ lún lệch theo tính toán đạt 12 mm - gây mất ổn định trụ tạm T13 và sau đó là sự sụp đổ của các kết cấu bên trên.